Простой японский служащий Рокуро Окадзима отправляется в командировку в юго-восточную Азию: ему нужно доставить очень важный диск. Вся его жизнь переворачивается в тот момент, когда на корабль нападают пираты и берут Рокуро в заложники. Спасая лицо, компания решает избавиться от диска вместе со служащим. Чтобы выжить, Рок объединяется с пиратами – и теперь он сотрудник «Чёрной лагуны»! Вместе они сражаются с наемными убийцами, вертолетами и кораблями, а потом отправляются искать загадочную подводную лодку нацистской Германии.