Противостояние между Альянсом Земли и Зафтом, которое возникло из-за разногласий в экономических вопросах, привело к войне. Наша история начинается спустя год после вышеописанных событий. Нейтральный спутник Гелиополис, внезапно атакован силами Зафта. Их цель - захватить новейшую модель Гандама, разработка которой велась Альянсом в строжайшей секретности. Миссия успешно выполнена, Зафтом захвачено четыре Гандама. Кира Ямато, студент промышленного колледжа, встречает старого друга Аслана Зара. К несчастью, Кира узнает, что Аслан на стороне Зафта и теперь они враги.